Ở cấp độ câu lạc bộ, Caniggia chơi cho River Plate (1985-88), Hellas Verona (1988-89), Atalanta (1989-92 và 1999-2000), AS Roma (1992-93), SL Benfica (1994-95), Boca Juniors (1995-98), Dundee (2000-01) và Rangers (2001-03). Ông đã trở thành huyền thoại và người hùng tại nhiều câu lạc bộ ông từng thi đấu. Năm 1985, Caniggia chạy 100 mét trong 10 giây 07 tại một cuộc thi điền kinh ở học viện bóng đá ở Nam Mỹ, là một trong những cầu thủ chạy nhanh nhất trên thế giới.